การผลิตไบโอดีเซลจากเอทานอลสามารถทำได้และเป็นสนใจในประเทศที่สามารถผลิต เอทานอลได้เอง เช่น บราซิล กระบวนการผลิตไบโอดีเซลจากเอทานอลสามารถใช้กระบวนการแบบเดียวกับเมทานอลแต่ต้องใช้เอทานอลปราศจากน้ำ (Anhydrous ethanol) หรือเอทานอล 99.5% แบบเดียวกับที่ใช้ผลิตแก๊สโซฮอล์ เนื่องจากเอทานอลที่รวมอยู่กับน้ำร้อยละ 5 หรือเอทานอล 95% ไม่สามารถทำให้เป็นเอทานอล 99.5% ได้ด้วยวิธีการกลั่นธรรมดา ดังนั้นการใช้เอทานอลปราศจากน้ำที่สามารถใช้เป็นพลังงานทดแทนได้เลยมาเปลี่ยนเป็นไบโอดีเซลจึงเป็นความคิดที่เป็นไปได้ยาก แต่ก็อาจเป็นได้ถ้าเอทานอลปราศจากน้ำมีราคาใกล้เคียงกับเมทานอล    จากประสบการณ์ในการทดลองใช้เอทานอลปราศจากน้ำเป็นสารตั้งต้นในการผลิตไบโอดีเซลพบว่า ปฏิกิริยาเกิดได้ยากกว่าเมทานอลเนื่องจากเอทานอลมีโมเลกุลใหญ่กว่าเมทานอล นอกจากนี้ถ้ามีน้ำอยู่ในระบบมากกว่าร้อยละ 1 จะมีสบู่เกิดขึ้นอย่างทันที เอทานอลสามารถดูดความชื้นในอากาศได้ดีทำให้เอทานอลปราศจากน้ำที่เก็บไว้นานกลายเป็นเอทานอลที่ชื้นไปในที่สุด แต่ถ้าทำให้ระบบแห้งจริงๆ ปฏิกิริยาเกิดได้ดีในช่วงแรกเนื่องจากน้ำมันพืชละลายในเอทานอลดได้ดีกว่าเมทานอล สำหรับปัญหาเรื่องกรดไขมันอิสระในน้ำมันพืชตั้งต้นสามารถจัดการได้เช่นเดียวกับการผลิตโดยใช้เมทานอล    การผลิตไบโอดีเซลโดยใช้เอทานอล 95% เป็นอีกทางเลือกหนึ่งที่น่าสนใจแต่ไม่สามารถใช้กระบวนการแบบใช้เบสเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาไม่ได้เนื่องจากปัญหาเรื่องน้ำดังที่กล่าวมาแล้ว ดังนั้นงานวิจัยเกี่ยวกับการใช้ตัวเร่งปฏิกิริยาที่ต้านทานน้ำ เช่น เอนไซม์ไลเปส หรือ โลหะออกไซด์ หรือการทำปฏิกิริยาในเอทานอลภาวะเหนือวิกฤตที่ปริมาณน้ำไม่มีผลต่อปฎิกิริยาจึงกำลังเป็นที่สนใจมากเพราะเป็นทางเลือกใหม่ที่ทำให้สามารถได้เชื้อเพลิงที่ไม่ต้องพึ่งพาแหล่งพลังงานจากซากดึกดำบรรต์ทั้งหมด 100 % หรือมุ่งผลิตเมทานอลจากชีวมวลแทนการผลิตจากแก๊สธรรมชาติแล้วนำมาใช้ผลิตเป็นไบโอดีเซล หรือเชื้อเพลิงทดแทนอื่น เช่น ดีเอ็มอี (DME, Dimethyl ether)    สมบัติของไบโอดีเซลที่ได้จากเอทานอลหรือเรียกว่า “เอทิลเอสเทอร์” ไม่ต่างกับไบโอดีเซลที่ได้จากเมทานอลหรือเรียกว่า “เมทิลเอสเทอร์” อาจกล่าวได้ว่าแทนที่กันได้ มาตรฐานของกรมธุรกิจพลังงานได้รับรองเอทิลเอสเทอร์เป็นไบโอดีเซลและต้องผ่านมาตรฐานเช่นเดียวกับเมทิลเอสเทอร์ แต่จากงานวิจัยต่างๆ พบว่าโดยทั่วไปเอทิลเอสเทอร์จะมีความหนืด ความหนาแน่น เลขซีเทนและค่าความร้อนสูงกว่าเมทิลเอสเทอร์เล็กน้อย ส่วนเรื่องรายละเอียดที่เหลือต้องเอาไว้โอกาศหน้าแต่ขอยืนยันว่า เอทานอลใช้ทำเป็นไบโอดีเซลได้